データベース「mysql」にある「user」テーブルに許可するIPやドメインを追加してやればOK。
あと、当たり前だけどファイアウォールによるアクセス制限や、mysqld起動時に–skip-networkingをしてないことが前提です。
参考
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0508/29/news002.html
http://210.224.163.248/Manual/mysql-3.23.49/manual.ja_MySQL_Database_Administration.html#Connection_access
MySQLでTCP接続を使う
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